| kategorie | název | platnost |
| přírodní památka (PP) | Baba | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| přírodní památka (PP) | Bedřichovský potok | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| přírodní památka (PP) | Blana | 1. 1. 2012 – 31. 12. 2019 |
| národní přírodní rezervace (NPR) | Brouskův mlýn | AOPK RP Jižní Čechy |
| národní přírodní rezervace (NPR) | Červené blato | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Ďáblík | 1. 1. 2007 – 31. 12. 2016 |
| přírodní památka (PP) | Děkanec | 2018 - 2027 |
| přírodní rezervace (PR) | Dvořiště | 1. 1. 2007 – 31. 12. 2016 |
| přírodní památka (PP) | Hliníř | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Hlubocké hráze | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| národní přírodní památka (NPP) | Hojná voda | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Horusická blata | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Chrášťanský vrch | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Kaliště | 2018 - 2027 |
| přírodní památka (PP) | Kameník | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| přírodní rezervace (PR) | Karvanice | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| přírodní památka (PP) | Lhota u Dynína | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Libnič | 1. 1. 2017 – 31. 12. 2026 |
| přírodní rezervace (PR) | Libochovka | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| přírodní památka (PP) | Lužnice | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| přírodní rezervace (PR) | Mokřiny u Vomáčků | 2018 - 2027 |
| přírodní památka (PP) | Ohrazení | 1. 1. 2008 – 31. 12. 2017 |
| přírodní památka (PP) | Orty | platnost vypršela - ARCHIV |
| přírodní památka (PP) | Ostrolovský Újezd | platnost vypršela - ARCHIV |
| přírodní památka (PP) | Pašínovická louka | 1. 1. 2007 – 31. 12. 2017 |
| přírodní památka (PP) | Přesličkový rybník | 1. 1. 2013 – 31. 12. 2022 |
| přírodní rezervace (PR) | Radomilická mokřina | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| národní přírodní památka (NPP) | Ruda | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Ruda u Kojákovic | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Sokolí hnízdo a bažantnice | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| národní přírodní památka (NPP) | Terčino údolí | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Tůně u Špačků | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| přírodní rezervace (PR) | V Rájích | 1. 1. 2017 – 31. 12. 2026 |
| přírodní rezervace (PR) | Velký a Malý Kamýk | 1. 1. 2008 – 31. 12. 2017 |
| přírodní památka (PP) | Velký Karasín | 1. 1. 2011 – 31. 12. 2020 |
| přírodní památka (PP) | Veveřský potok | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| přírodní památka (PP) | Vltava u Blanského lesa | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| přírodní památka (PP) | Vrbenská tůň | 1. 1. 2007 – 31. 12. 2016 |
| přírodní rezervace (PR) | Vrbenské rybníky | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| přírodní rezervace (PR) | Vysoká Běta | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Záblatské louky | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Zámek | 1. 1. 2007 – 31. 12. 2016 |
| přírodní památka (PP) | Žemlička | 1. 1. 2006 – 31. 12. 2015 |
| přírodní památka (PP) | Židova strouha | 1. 1. 2012 – 31. 12. 2021 |
| národní přírodní rezervace (NPR) | Žofinka | AOPK RP Jižní Čechy |