Projekt se věnuje evropské soustavě chráněných území Natura 2000, konkrétně tzv. evropsky významným lokalitám (dále jen EVL) a jejich vyhlášení. Jakmile se navržené EVL po schválení Evropskou komisí ocitnou na tzv. národním seznamu, je potřeba je oficiálně vyhlásit za zvláště chráněná území a pečovat o ně – to je předmětem tohoto projektu. Seznam českých EVL byl schválen nařízením vlády č. 73/2016, kterým se mění nařízení vlády č. 318/2013 Sb., o stanovení národního seznamu evropsky významných lokalit. Během II. etapy implementace soustavy Natura bude v Jihočeském kraji v terénu zřízeno celkem 30 EVL, např. EVL Zlatý potok v Pošumaví, která chrání několik různých stanovišť včetně smíšených jasanovo-olšových lužních lesů a fialově kvetoucí rostlinu hořeček mnohotvarý český, který roste téměř výlučně na území České republiky. Obecně bývají EVL vyhlašovány, aby chránily určitý druh živočichů nebo rostlin, kterému se v nich daří nebo typ stanoviště, který se v nich vyskytuje.
Projekt zahrnuje několik na sebe navazujících fází. Po identifikaci vlastníků pozemků, na kterých budou jednotlivé EVL vyhlášeny, budou zpracovány tzv. inventarizační průzkumy, které zjišťují mj. spektrum přítomných druhů, kondici jejich populací, faktory, které je mohou ohrozit atd. Inventarizační průzkumy znamenají podklad pro další krok, tj. zpracování plánů péče o vyhlašovaná zvláště chráněná území a také návrhů na jejich vyhlášení. Následují geodetické práce a vyznačení hranic nových chráněných území v terénu. Nezbytnou součást projektu představuje proces projednání návrhů na vyhlášení jednotlivých nových chráněných území a konečně vydání nařízení kraje o jejich zřízení. V rámci propagačních opatření aktivit a výstupů projektu bude např. v každé nově vyhlašované EVL instalována informační tabule s texty a obrázky k dané lokalitě.
Výsledkem projektu bude zřízení 30 EVL, které se připojí k lokalitám a tzv. ptačím oblastem (vedle EVL druhá složka soustavy Natura 2000), vyhlášeným v rámci I. etapy implementace soustavy Natura 2000 v Jihočeském kraji či dříve. Celkem je na území Jihočeského kraje vymezeno 102 evropsky významných lokalit a 9 ptačích oblastí.